El Colegio San Rafael se fundó el 22 de agosto de 1962, bajo la dirección del entonces Párroco Monseñor Juan Bautista Acevedo y las Hermanas de San José de la Tercera Orden de San Francisco procedentes de Garfield Heights, Ohio. Las hermanas fundadoras fueron: Sister Mary Rosette (Superiora), Sister Mary Seraphica, Sister Mary Deophillia y Sister Mary Ruth. El Colegio abrió sus puertas en el local donde actualmente se encuentra la Colecturía de Rentas Internas. Tenía una matrícula de 139 niños de primero al quinto grado.